本分局置分局長1人，分局長綜理分局業務，並指揮、監督所屬人員；副分局2人，副分局長襄理分局長處理分局業務。

主任工程司權責如下：
    一、襄理工程分局工程建設有關事宜。
    二、主管業務之規劃、推動及執行。
    三、綜合文件之督導撰擬。
    四、主管業務報告之編擬。
    五、其他交辦事項。

綜合科掌理事項：
    一、計畫之研擬、審查、修正、控管與資料蒐集及數據分析。
    二、土地之調查、徵收、撥用、登記之配合處理與地上物測量、查估及拆遷。
    三、專案計畫與工程簡報之彙整及製作。
    四、工程竣工後之財產移轉作業。
    五、工程施作紀要之彙整。
    六、資訊作業之管理及資通安全之維護。
    七、其他有關工程綜合事項。

土建軌道科掌理事項：
    一、土建與軌道工程之設計、變更及預算編審。
    二、土建與軌道工程替代工法之研擬及審查。
    三、土建與軌道工程之景觀及公共藝術之設置。
    四、測量工程之督導考核。
    五、軌道與測量材料、機具之招標文件編列、請購及檢驗。
    六、場站之佈置、工程設計及預算編審。
    七、土建與軌道工程及機電工程界面之整合協調。
    八、其他有關土建及軌道事項。

機電科掌理事項：
    一、機電工程之設計、變更及預算編審。
    二、機電工程替代工法之研擬及審查。
    三、機電工程施工及監造之督導。
    四、機電工程品質之查核及管考。
    五、機電工程及土建、軌道工程界面之整合協調。
    六、其他有關機電工程事項。

工事科掌理事項：
    一、工程品質管理制度執行及督導查核之彙辦。
    二、工程履約爭議及人民陳情案件之處理。
    三、工程進度之管制、計價之審核及竣工之驗收。
    四、工程契約及圖說資料之管理。
    五、工程標案採購及相關專業訓練之辦理。
    六、工程材料及帳務之管理。
    七、土建與軌道工程施工、監造之督導及品質之查核、管考。
    八、其他有關工事事項。

運務及安全衛生科掌理事項：
    一、場站及行車旅運設施新建或改建之協調。
    二、施工期間鐵路行車及公路交通維持之協調。
    三、軌道切換計畫之研擬及執行。
    四、鐵道系統營運前各階段檢查作業及營運之監督管理。
    五、職業安全衛生管理及教育訓練之辦理。
    六、工程災害之防救及緊急應變。
    七、計畫之環境影響評估、變更與承諾事項督導及水土保持之管理。
    八、其他有關運務及安全衛生事項。

秘書室掌理事項：
    一、印信典守及文書、檔案之管理。
    二、出納、財務、營繕、採購及其他事務之管理。
    三、國會聯絡、媒體公關事務之規劃、研擬、執行及管考。
    四、工友（含技工、駕駛）之管理。
    五、不屬其他各科、室、段、隊事項。

人事室掌理工程分局人事事項。

政風室掌理工程分局政風事項。

主計室掌理工程分局歲計、會計及統計事項。

各工務段掌理事項：
    一、土建工程之施工、監造、品質管理及相關計畫書擬訂或審查。
    二、土建工程工地之安全衛生、環境保護及水土保持之管理。
    三、土建工程之設計變更及施工預算編審。
    四、土建工程施工期間鐵路行車及公路交通維持之協調。
    五、土建工程災害之緊急處理。
    六、土建工程竣工、驗收、決算及財產移轉之處理。
    七、其他有關工務段事項。

各工程隊掌理事項：
    一、軌道與機電工程之施工、監造、品質管理及相關計畫書擬訂或審查。
    二、軌道與機電工程工地之安全衛生及環境保護之管理。
    三、軌道與機電工程之設計變更及施工預算編審。
    四、軌道與機電工程施工期間鐵路行車及公路交通維持之協調。
    五、軌道及機電工程災害之緊急處理。
    六、軌道及機電工程竣工、驗收、決算及財產移轉之處理。
    七、其他有關工程隊事項。