本分局置分局長1人，綜理分局務，副分局長2人，襄理分局務，主任工程司1人，承分局長、副分局長之命，統籌督導本分局各項工程建設。

●綜合科掌理事項如下：

一、計畫之研擬、審查、修正、控管與資料蒐集及數據分析。

二、土地之調查、徵收、撥用、登記之配合處理；地上物測量、查估及拆遷。

三、專案計畫與工程簡報之彙整及製作。

四、工程竣工後之財產移轉。

五、工程施作紀要之彙整。

六、資訊作業之管理及資通安全之維護。

七、其他有關工程綜合事項。

●土建軌道科掌理事項如下：

一、土建與軌道工程之設計、變更及預算編審。

二、土建與軌道工程替代工法之研擬及審查。

三、土建與軌道工程之景觀及公共藝術之設置。

四、測量工程之督導及考核。

五、軌道與測量材料、機具之招標文件編列、請購及檢驗。

六、場站之佈置、工程設計及預算編審。

七、土建與軌道工程及機電工程界面之整合協調。

八、其他有關土建軌道事項。

●機電科掌理事項如下：

一、機電工程之設計、變更及預算編審。

二、機電工程替代工法之研擬及審查。

三、機電工程施工及監造之督導。

四、機電工程品質之查核及管考。

五、機電工程及土建、軌道工程界面之整合協調。

六、其他有關機電事項。

●工事科掌理事項如下：

一、工程品質管理制度之執行及督導、查核之彙辦。

二、工程履約爭議及人民陳情案件之處理。

三、工程進度之管制、計價之審核及竣工之驗收。

四、工程契約及圖說資料之管理。

五、工程標案採購及相關專業訓練之辦理。

六、工程材料及帳務之管理。

七、土建與軌道工程施工、監造之督導及品質之查核、管考。

八、其他有關工事事項。

●運務及安全衛生科掌理事項如下：

一、場站及行車旅運設施新建或改建之協調。

二、施工期間鐵路行車及公路交通維持之協調。

三、軌道切換計畫之研擬及執行。

四、鐵道系統營運前各階段檢查作業及營運之監督管理。

五、職業安全衛生管理及教育訓練之辦理。

六、工程災害之防救及緊急應變。

七、計畫之環境影響評估、變更與承諾事項督導及水土保持之管理。

八、其他有關運務及安全衛生事項。

●秘書室掌理事項如下：

一、印信典守及文書、檔案之管理。

二、出納、財務、營繕、採購及其他事務之管理。

三、國會聯絡、媒體公關事務之規劃、研擬、執行及管考。

四、工友（含技工、駕駛）之管理。

五、不屬其他各科、室、段、隊事項。

●人事室掌理工程分局人事事項。

●政風室掌理工程分局政風事項。

●主計室掌理工程分局歲計、會計及統計事項。

●各工務段掌理事項如下：

一、土建工程之施工、監造、品質管理及相關計畫書之擬訂或審查。

二、土建工程工地安全衛生、環境保護及水土保持之管理。

三、土建工程之設計變更及施工預算編審。

四、土建工程施工期間鐵路行車及公路交通維持之協調。

五、土建工程災害之緊急處理。

六、土建工程竣工、驗收、決算及財產移轉之處理。

七、其他有關工務段事項。

●各工程隊掌理事項如下：

一、軌道與機電工程之施工、監造、品質管理及相關計畫書之擬訂或審查。

二、軌道與機電工程工地安全衛生及環境保護之管理。

三、軌道與機電工程之設計變更及施工預算編審。

四、軌道與機電工程施工期間鐵路行車及公路交通維持之協調。

五、軌道及機電工程災害之緊急處理。

六、軌道與機電工程竣工、驗收、決算及財產移轉之處理。

七、其他有關工程隊事項。